市委依法治市办设在市司法局，设置秘书处、综合处2个处室。秘书处：负责市委依法治市办日常运转，承担公文审核和信息宣传等工作。综合处：统筹全面依法治市调研、督察工作；承办有关法治工作协调，联系各协调小组。
内设机构
1．办公室：负责机关日常运转，承担统计、安全、保密、信访、政务公开、外事等工作。
2．法治调研处：开展全面依法治市理论与实践调查研究工作，提出有关政策建议。承办全面依法治市工作规划、计划建议的协调工作。组织起草全面依法治市有关重要文件。负责拟定本系统发展战略、中长期规划、重大决策和年度工作计划。负责推进司法行政改革工作。
3．法治督察处：负责拟定全面依法治市决策部署年度督察工作计划，开展重大专项督察，提出督察意见、问责建议。承担市和区县（自治县）法治建设的指导协调、督促检查和考核评价工作。承担联系市政府法律顾问和市政府立法评审（行政复议咨询）专家委员会委员有关工作。
4．立法一处：负责政治和文化建设方面的立法工作。承担相应地方性法规、市政府规章的草案组织起草、审查和市政府规章解释、具体应用问题的答复工作。负责组织开展相关市政府规章立法后评估，组织承办相关政府规章清理工作。
5．立法二处：负责经济建设方面的立法工作。承担相应地方性法规、市政府规章的草案组织起草、审查和市政府规章解释、具体应用问题的答复工作。负责组织开展相关市政府规章立法后评估，组织承办相关政府规章清理工作。
6．立法三处：负责社会建设方面的立法工作。承担相应地方性法规、市政府规章的草案组织起草、审查和市政府规章解释、具体应用问题的答复工作。负责组织开展相关市政府规章立法后评估，组织承办相关政府规章清理工作。
7．立法四处：负责生态文明建设方面的立法工作。承担相应地方性法规、市政府规章的草案组织起草、审查和市政府规章解释、具体应用问题的答复工作。负责组织开展相关市政府规章立法后评估，组织承办相关政府规章清理工作。
8．规范性文件管理处：承担对区县（自治县）政府、市政府各部门规范性文件备案审查；负责组织地方性法规、政府规章和规范性文件清理工作。指导全市规范性文件制定和备案审查工作。
9．社区矫正管理局（重庆市社区矫正管理局）：负责监督检查社区矫正法律法规和政策的执行工作。指导、监督对社区矫正对象的刑罚执行、管理教育和帮扶工作。指导社会力量和志愿者参与社区矫正工作。
10．行政复议立案监督处：负责市政府行政复议立案及立案引发的行政应诉、行政赔偿工作；负责承办国务院行政复议立案监督工作；指导、监督全市行政复议工作。
11．行政复议与应诉一处：负责市政府及其派出机构为被申请人的行政复议以及案件审理引发的行政诉讼、行政赔偿和国务院最终裁决案件工作等。
12．行政复议与应诉二处：负责区县（自治县）政府为被申请人的行政复议及案件审理引发的行政诉讼、行政赔偿和国务院最终裁决案件工作等。
13．行政复议与应诉三处：负责公安、司法、财政、经济信息化、商务、地方金融、发展改革、科教文卫、社会民生、交通运输等市级部门及其派出机构、法律法规授权组织和市级行业协会、社会组织、企业等为被申请人的行政复议以及案件审理引发的行政诉讼、行政赔偿和国务院最终裁决案件工作等。
14．行政复议与应诉四处：负责自然资源、农业农村、生态环境、城乡建设、市场监管和其他市级部门及其派出机构、法律法规授权组织为被申请人的行政复议以及案件审理引发的行政诉讼、行政赔偿和国务院最终裁决案件工作等。
15．行政执法指导监督处（重庆市综合行政执法指导办公室）：承担统筹深化全市行政执法体制改革工作。指导监督全市行政执法工作。统筹推进行政执法制度化、规范化建设和乡镇（街道）综合行政执法工作。承办相关法律、法规、规章执行情况的监督检查。组织开展执法领域突出问题专项整治。
16．行政执法协调推进处：负责行政执法综合协调工作，协调解决行政执法职权争议和普遍性重要性问题。统筹推进“执法+监督”数字应用建设及推广工作。承担行政执法主体及人员资格管理、执法人员培训工作。指导推进行政裁决工作。
17．普法与依法治理处：负责拟订法治宣传教育规划并组织实施。指导、监督各区县（自治县）、各部门“谁执法谁普法”的普法责任制落实工作，推进全民普法。指导、监督、组织国家工作人员学法用法工作。指导各区县（自治县）、各部门、各行业依法治理和法治创建工作。指导社会主义法治文化建设工作。
18．人民参与和促进法治处：负责人民群众参与、促进、监督法治建设工作。指导人民团体、群众自治组织和社会组织参与、支持法治社会建设工作。指导司法所工作。指导人民调解、行政调解工作。指导人民陪审员和人民监督员选任管理工作。指导帮教安置工作。
19．公共法律服务管理处：负责规划和推进公共法律服务体系和平台建设。指导、监督法律援助、公证、仲裁、司法救助工作。编制全市公证和仲裁名册并公告。指导社会组织和志愿者开展法律服务工作。
20．律师工作处（政务服务中心）：负责指导、监督律师工作。负责律师事务所、律师执业证的审批登记。负责管理在重庆设立的国（境）外律师机构。指导、监督党政机关、企事业单位法律顾问工作。
21．法律职业资格管理处：负责全市国家统一法律职业资格考试组织实施工作。负责全市国家统一法律职业资格证书管理等工作。负责组织制定法律职业人员入职前培训规划并组织实施。
22．司法鉴定工作管理处：负责全市司法鉴定机构和司法鉴定人的审核登记、名册编制公告、业务指导和质量管理工作。负责全市司法鉴定监管工作和违法违纪调查处理工作。
23．科技信息处（指挥中心）：负责局机关信息化建设工作。拟订本系统信息化建设发展规划。负责本系统应急处突指挥、应急演练和应急培训工作。
24．装备财务保障处：指导本系统财务、物资装备和基本建设管理工作；负责本系统枪支、弹药、服装和警车等管理工作；负责局机关财务管理工作。
25．审计处：负责对局机关、直属单位的内部审计工作和直属单位主要负责人及监狱、戒毒场所正职领导的任期经济责任审计工作。
26．人事警务处（巡察办）：负责局机关和直属单位及监狱、戒毒系统机构编制、干部人事工作；负责基层场所领导班子建设和正处级领导干部选任管理；负责本系统干部培训、警务管理工作。负责市司法局党委巡察工作领导小组日常事务，统筹、协调、指导巡察组开展工作。
27．组织宣传处：负责本系统组织建设、舆论宣传、表彰奖励、精神文明建设、统战、共青团等工作。负责本系统刊物出版和宣传载体管理。
28．警务督察处：指导、监督监狱和戒毒机关及其人民警察严格执行国家法律、法规和政策。负责督促检查监狱、戒毒工作，组织开展警务督察；联系、协调监狱戒毒工作。
政治部（警务部）：负责本部门、本系统党的建设、思想政治、组织人事、干部培训、警务管理和督察工作。
机关党委：设置机关党委办公室，负责机关和直属单位的党群、纪检工作等。
离退休人员工作处：负责机关离退休人员管理，指导直属单位离退休人员管理等工作。
